Laboratorio di sequenziamento: ricerca integrata tra Ospedale e UPO

La svolta arriverà entro l’autunno con l’avvio delle operatività progettate e programmate che saranno al centro delle attività del Laboratorio Integrato di Sequenziamento e che farà da volano alle nuove collaborazioni tra l’azienda ospedaliera di Alessandria e il Dipartimento di scienze e innovazione tecnologica dell’Università del Piemonte Orientale, promossa dal Dairi (Dipartimento Attività Integrate Ricerca Innovazione, il direttore è Antonio Maconi). Nel particolare ci si attende un miglioramento qualitativo e quantitativo dell’attività di diagnostica e la promozione delle attività di ricerca.

Potenziamento della ricerca

Si aprono infatti sempre più nuovi scenari sul fronte della Struttura semplice dipartimentale (Ssd) dell’Azienda Ospedaliera che coordina le attività di ricerca dei laboratori; la promozione e il potenziamento dell’attività di ricerca preclinica (particolarmente nell’ambito delle patologie ambientali e asbesto correlate), traslazionale e applicativo-tecnologica a carattere interdisciplinare in ambito biologico, chimico, fisico, informatico e matematico, attraverso l’integrazione della rete dei laboratori di ricerca del Disit e di altri enti di ricerca (tra i principali: Istituto Ramazzini, Istituto Italiano Tecnologia. Irf Mario Negri Irccs, Politecnico di Torino). Le attività sono strettamente correlate a quelle svolte dalla Medicina Traslazionale, da Epidemiologia Clinica e Biostatistica, dalle Unit Disease e dalle strutture del Dairi.

Staff al lavoro

Il gruppo di lavoro che studierà le relazioni tra genoma batterico e resistenza agli antibiotici composto da Andrea Rocchetti, direttore di Microbiologia e Virologia, Franca Gotta, Microbiologia e Virologia, Flavio Mignone, Disit, Elisa Bona, Dipartimento per lo Sviluppo Sostenibile e la Transizione Ecologica dell’Università del Piemonte Orientale, ha già iniziato, in pandemia, un percorso di ricerca che si occupa di definire dei parametri bioinformatici che favoriscano la sorveglianza attiva dei microrganismi “ pericolosi” in diversi reparti a rischio. Il laboratorio integrato per attività di sequenziamento continuerà a sviluppare e a progettare una piattaforma epidemiologica di vigilanza genomica per il contrasto delle epidemie.

«Il tema della genomica è diventato ‘scottante’ da quando le varianti di Sars-CoV-2 sono diventate le protagoniste sulla scena mondiale. L’Italia sequenzia molto meno di altri Paesi e c’è un denominatore comune all’origine di questo gap ed è culturale. Manca la consapevolezza, diffusa e a più livelli, del ruolo che ha quella che viene percepita, genericamente, come ‘ricerca’ abbia ricadute pratiche nelle attività produttive ed economiche. La pandemia ha messo in luce l’importanza di tenere sotto controllo le malattie infettive e di accelerare il processo di aggiornamento tecnologico ed organizzativo dei laboratori».

Le parole sono di Andrea Rocchetti. Che prosegue: «Negli ultimi anni stiamo assistendo ad un notevole sviluppo della tecnologia di sequenziamento genomico totale ‘Whole Genome Sequencing’ (Wgs) per le attività di sorveglianza epidemiologica delle malattie infettive. Attualmente l’applicazione delle metodiche di Next generation sequencing (Ngs) all’interno dei laboratori di microbiologia clinica è appannaggio di pochi centri. L’attività diagnostica microbiologica, ad alta specializzazione, si configura come un servizio di supporto, con particolare riguardo al Controllo Infezioni e alle Malattie Infettive, proponendo soluzioni diagnostiche ad alta complessità sia al paziente ricoverato sia ai cittadini della comunità». L’implementazione delle tecnologie Ngs in ambito infettivologico è molto promettente, oltre che nello studio delle varianti Sars Cov-2, per lo studio del microbiota, delle resistenze batteriche e delle interazioni con le caratteristiche individuali del paziente ma richiede un know-how microbiologico clinico, oltre che bioinformatico, in grado di interpretare e valutare i dati Ngs e di collocare questi dati nel contesto clinico appropriato.

L'obiettivo

Lo studio delle resistenze batteriche per il monitoraggio di batteri multiresistenti (Mdr) all’interno dei cluster epidemici ha come obiettivi “tipizzare il profilo di antibiotico-resistenza tramite l’analisi dell’intero genoma; determinare la vicinanza / distanza genomica tra ceppi isolati durante il periodo pandemico in reparti a rischio; standardizzare un workflow per la valutazione della vicinanza genomica al fine di mappare il transito dei ceppi e valutare l’efficacia degli interventi messi in atto”.
L’integrazione tra ospedale e università « ha consentito- ricorda Rocchetti - di consolidare le esperienze e le competenze indispensabili per partecipare al bando regionale Infra-P e richiedere i finanziamenti regionali per il progetto “Surveil” coordinato dalla Infrastruttura di Ricerca pubblica Caad dell’Upo e che vedrà affidato all’azienda ospedaliera alessandrina lo sviluppo di alcuni temi quali i protocolli di sorveglianza per microrganismi “Alert” e percorsi diagnostici personalizzati ad alta complessità per i pazienti critici con infezioni acute gravi».

La Ssd Laboratori di Ricerca ha l’obiettivo di ottimizzare le risorse disponibili al fine di promuovere l’attività di ricerca condotta all’interno delle strutture aziendali attuando la piena integrazione tra le funzioni di assistenza, di ricerca, di innovazione e di formazione. Gli obiettivi del progetto sviluppato dal gruppo di lavoro sono quelli di “efficientare il work-flow diagnostico per l’analisi del genoma intero (Wgs) in specifici ambiti clinici; potenziare l’attività di ricerca già in essere e sviluppare nuove progettualità verranno realizzati attraverso la creazione di un Laboratorio Integrato di Sequenziamento in collaborazione con il Disit, integrando le due sedi dell’azienda ospedaliera e del dipartimento universitario”. Ed è l’obiettivo in vista dell’autunno 2022.