L’applicazione delle analisi NGS - Next Generation Sequencing nello studio del microbiota intestinale

Valutare precocemente il microbiota del ricevente rispetto a quello del donatore e individuare mutazioni geniche che possono interferire sull’efficacia terapeutica dei principali farmaci attraverso l’analisi in NGS - Next Generation Sequencing: è questa una delle attività svolte dal Laboratorio Integrato di Sequenziamento avviato all’interno dell’Azienda Ospedaliera di Alessandria.

Il team di lavoro

I Laboratori di Ricerca Integrati, coordinati dalla responsabile Annalisa Roveta, vedono la stretta collaborazione tra il DAIRI, Dipartimento Attività Integrate Ricerca e Innovazione dell’AO AL diretto da Antonio Maconi e il DiSIT, Dipartimento di Scienze e Innovazione Tecnologica dell’Università del Piemonte Orientale diretto da Leonardo Marchese.

A far parte del Laboratorio di Sequenziamento è il personale della struttura di Microbiologia e Virologia, diretta da Andrea Rocchetti, che, come detto, utilizza le analisi NGS - Next Generation Sequencing per una valutazione precoce che permetta la riuscita del trapianto del microbiota intestinale e per la diagnosi per quanto riguarda i micobatteri.

L'analisi del microbiota intestinale ai fini del trapianto

L’analisi NGS in campo microbiologico, infatti, è vasta e all’interno del Laboratorio integrato è utilizzata, appunto, per l’analisi del microbiota intestinale ai fini del trapianto, l’analisi dei micobatteri per l’identificazione di specie, la rilevazione precoce delle resistenze e il tracciamento epidemiologico e l’analisi filogenetica dei cluster epidemici da MDR, cioè i batteri multidrug resistant (multifarmaco resistenti).

Franca Gotta, dirigente biologo spiega:

L’attività che abbiamo iniziato sia sull’analisi del microbiota intestinale sia sui micobatteri ci ha permesso di valutarne le grandi potenzialità delle analisi in NGS . Per quel che riguarda il microbiota intestinale ci consente di valutare precocemente il passaggio del microbiota dal donatore verso il ricevente, parametro fondamentale per la riuscita del trapianto. Mentre l’analisi NGS dei micobatteri offre grandissime possibilità sia dal punto di vista diagnostico, andando a individuare mutazioni geniche che possono interferire sull’efficacia terapeutica dei principali farmaci utilizzati di prima e di seconda linea, sia dal punto di vista epidemiologico, consentendo di tracciare la circolazione dei ceppi di micobatteri tubercolari nel territorio.